Главная задача, стоявшая перед Православной Церковью после церковно-административного слияния бывших униатов со староправославными в 1839–1843 гг., заключалась в совершенствовании церковной жизни, которое тесно соединялось с прекращением влияния на белорусское население Польского Католичества и полонизма. Наиболее острая ситуация сложилась в Литовской и Виленской епархии, включавшей в себя всю западную часть современной Беларуси и полностью состоявшей из воссоединенных. Положение усугублялось тем обстоятельством, что на ее территории располагался центр полонизма и католичества в Российской империи – г. Вильно – административный центр Северо-Западного края. В Могилевской, Минской и Полоцкой епархиях, где воссоединенные вошли в соприкосновение с большим количеством староправославного населения, положение было значительно легче.
В 1845 г. епархиальное управление и Литовская духовная семинария были перемещены из Успенского Жировичского монастыря в Вильно. Утверждение важных православных церковных учреждений в столице края послужило возвышению здесь православия и потеснило позиции католичества и полонизма. В дальнейшем усилия православной иерархии были направлены на возрождение в воссоединенной пастве православных форм духовности и благочестия. Трудность заключалась в том, что духовенство и простой народ несли на себе слишком большой отпечаток польского влияния на унию. Изменить это в одночасье не представлялось возможным из-за силы религиозной привычки и продолжающегося культурного и экономического доминирования полонизма и католичества. Архиепископ (с 1852 г. митрополит) Иосиф (Семашко) видел достижение цели в решении комплекса задач, который включал в себя новое воспитание духовенства, повышение уровня совершения богослужений и проповеди, строительство новых и приведение в благолепный вид старых храмов и проч. Все это в конечном итоге должно было повлиять на простой народ, окончательно и бесповоротно сделать его православным. О русификации белорусов через Православную Церковь, о чем много пишется в современной исторической литературе, в 1840–1850 гг. речи не шло. Главное состояло в единстве вероисповедания и богослужебной практики, а потому в эти годы наблюдалось терпимое отношение к привычкам бывших униатов совершать домашнее молитвенное правило на польском языке по польским молитвенникам, традициям не носить нательные крестики, посещать по житейским поводам службы в костелах и проч. Считалось, что многое отомрет со временем, а что-то вполне может остаться как местная особенность. Издержкой такого осторожного деликатного, основанного на очень широком взгляде на религиозные традиции, подхода являлось то, что все перемены в народе происходили очень медленно. Зачастую они не были заметны посторонним наблюдателям. В течение 1840–1850 гг. неоднократно высказывались мнения, что воссоединенные продолжают внешне и внутренне оставаться униатами. Многие сторонние наблюдатели и российские чиновники в крае приходили к выводу, что Полоцкий Собор был ошибкой, а воссоединение провалилось. Митрополит Иосиф (Семашко) игнорировал эти нападки. Главным в утверждении православия в крае он считал не внешние изменения в народе, а приход новой генерации белорусских священников, для которых уния представлялась делом давно минувших дней. Поэтому он пристально следил за уровнем преподавания и нравственной атмосферой в духовных школах своей епархии, тщательно подбирал преподавательский состав, по возможности лично присутствовал на экзаменах, постоянно добивался у правительства улучшения материального содержания как Литовской семинарии, так и уездных духовных училищ.
Одновременно с подготовкой молодых священнослужителей шло постепенное преобразование жизни старых священников. В этом деле православное священноначалие действовало осторожно и деликатно. С 1842 г. началось изменение внешнего вида воссоединенных священников и уже в 1845 г. в Литовской епархии более 300 духовных лиц отрастили бороды и надели рясы, в том числе 28 монашествующих. К 1850 г. в униатском духовном платье оставались лишь несколько священников (например, известный писатель и публицист протоиерей Плакид Янковский, духовник митрополита Иосифа иеромонах Викентий (Лисовский)). Постепенно жены-католички воссоединенных священников, понимая деликатность проблемы, с которой столкнулись их мужья, перешли в православие. В то же время надо отметить, что, несмотря на формальное присоединение к православию, многие «матушки» и дочери белорусских священников продолжали в душе оставаться ревностными католичками. Они молились по-польски, дома разговаривали на польском языке, по праздникам посещали костелы, где встречались с цветом местного общества и с подругами по польским женским пансионам, в которых воспитывались в юности. Для исправления ситуации в сентябре 1861 г. в Вильно было открыто Училище для девиц духовного звания, которое представляло собой школу для жен православных священников.
Трудно решалась проблема внедрения в домашнее молитвенное правило семей духовенства молитв на церковнославянском языке. В 1845 г. вышло распоряжение, чтобы в течение года все дети обоего пола в семьях священников и церковнослужителей были обучены церковнославянским молитвам. Это распоряжение не привело к большим изменениям. В 1850 г. было выяснено, что не только прихожане, не только дети священников и причетников, но даже некоторые церковнослужители, занимавшие штатные должности пономарей, не знают молитв на церковнославянском языке, а молятся по-польски. Очевидно, здесь играла роль сила привычки, которая искореняется только многими годами.
Параллельно с преобразованием духовенства шло постепенное введение в приходских храмах православного богослужения. Оно тормозились как привычкой священников служить по-старому, так и недостатком средств для приобретения православной богослужебной литературы и утвари. Лишь в 1852 г. из практики воссоединенных был выведен обычай совершать несколько литургий в день на одном престоле. В 1855 г. завершился процесс изъятия из воссоединенных церквей униатской богослужебной литературы и полного замещения ее православными изданиями. Униатские книги собирались в консистории епархий, где сжигались. При этом для сохранения исторической памяти в библиотеки передавались по несколько экземпляров каждого униатского издания.
Большие сложности в 1840–1850-е гг. встретило церковностроительное дело. Правительство не выделяло достаточно средств для ремонта старых и строительства новых церквей. В отчетах Св. Синоду об обозрениях воссоединенных епархий в 1845 и 1849 гг. сообщалось об убогом состоянии приходских храмов. В ответ на это в 1851 и 1852 гг. последовали высочайшие повеления о приглашении гражданскими властями помещиков заботиться о православных храмах. Было также предложено рассмотреть вопрос о строительстве в белорусско-литовских губерниях православных церквей по типовым проектам. Однако повеления императора ни к чему не привели. В 1857 г. во всеподданнейшем рапорте виленский генерал-губернатор В.И. Назимов доносил императору Александру II, что внешнее состояние православных храмов, сравнительно с католическими, не достигло желательной степени благолепия. Император собственноручно написал на рапорте Назимова: «Обратить на это особое внимание и принять меры для приведения церквей в должное благолепие». Даже после этого распоряжения императора строительство и ремонт храмов успешно продвигались только в казенных имениях, находившихся в ведении Министерства государственных имуществ, которым в это время руководил М.Н. Муравьев. Здесь было начато строительство 36 и починка 56 храмов. В итоге к концу 1850-х гг. большая часть церквей в белорусско-литовских губерниях представляла собой весьма печальное зрелище.
Не меньшей проблемой в эти годы являлось материальное обеспечение духовенства. Священники получали жалование от 100 до 180 рублей в год, в зависимости от класса прихода. В условиях крепостной системы исполнение прихожанами повинностей в пользу духовенства, предусмотренное законом 1842 г. и призванное компенсировать недостаточность жалования, стояло в зависимости от произвола помещиков-католиков. В результате православные священники оказывались в экономической зависимости от польских землевладельцев, которые, естественно, не спешили улучшать материальное положение православных священников. Помимо этого, крайне неудовлетворительно шло обеспечение причтов домами и положенным количеством земли. К 1851 г. в Литовской епархии было построено только 25 домов для священников, 2 для диаконов, 10 для дьячков, 5 для пономарей и 4 для просфирен. В свою очередь еще требовалось 205 священнических, 36 диаконских, 323 дьячковских, 193 пономарских и 225 домов для просфирен. 13 причтов еще вообще не получили положенную им землю, а 457 причтов не могли воспользоваться повинностями прихожан по обработке церковной земли. Все это вынуждало священноначалие просить помощи для священников у правительства. В 1848 и 1859 гг. митрополит Иосиф (Семашко) обращался в правительство с просьбой об увеличении жалования священникам; в 1851 г. просил Св. Синод о производстве пособий для заслуженных духовных лиц, выходящих за штат; в 1852 г. просил обер-прокурора Св. Синода Н.А. Протасова рассмотреть вопрос об увеличении сумм квартирных и обработочных денег для причтов. Просьбы митрополита Иосифа или отклонялись из-за недостатка государственных средств, или удовлетворялись в недостаточном объеме, и материальное положение духовенства оставляло желать много лучшего.
Одной из главных забот и одновременно большой проблемой для владыки Иосифа была защита воссоединенных от латинского прозелитизма. Убедившись многолетним опытом, что польское католическое общество и ксендзы считали молчание и снисхождение слабостью и тем провоцировались на все более дерзкие действия, высокопреосвященный Иосиф главную свою обязанность по охранению паствы видел в том, чтобы не оставлять без внимания ни одного случая совращения из православия в католичество. Для предотвращения переходов из православия в католичество после Полоцкого Собора был специально учрежден «Секретный комитет по принятию мер к устранению в западных губерниях совращений из православия в латинство». На первом и единственном заседании 1 августа 1839 г. члены комитета разработали ряд мер, призванных остановить латинский прозелитизм. В 1841 г., Белорусско-Литовской духовной коллегией была собрана информация «о всех латинских приходах, с показанием приписных каплиц и числа латинских прихожан, а также селений, в которых они проживают». Эти сведения были разосланы всем епархиальным начальствам западных губерний, которые следили за численностью католиков. На основании высочайшего указа от 16 декабря 1839 г., устанавливавшего порядок решения в пользу господствующей Церкви проблемы так называемых «спорных прихожан», митрополит Иосиф (Семашко) инициировал многочисленные дела по обращению в православие бывших униатов. До 1846 г. в 242 латинских приходах их было выявлено в общей сложности 4892 человека, что было ничтожной частью от более чем миллиона переведенных в костелы в первой трети XIX в. белорусов. Дело в том, что составить их списки было предложено самим ксендзам. Они, естественно, скрывали латинизированных униатов. Перевод выявленных спорных прихожан в православное вероисповедание был сопряжен с ожесточенным сопротивлением латинян. Поскольку не удалось обнаружить сколько-нибудь значительную часть латинизированных греко-католиков, можно говорить, что это дело оказалось провальным. Тем не менее православное священноначалие считало его полезным, т.к. оно заставило ксендзов защищать свою паству, а не направлять энергию на обращение православных.
Значительным препятствием на пути совершенствования церковной жизни в 1840–1850 гг. явилась позиция представителей государственной власти в белорусско-литовских губерниях. Правительство ставило своей целью достижение спокойствия и порядка в крае в условиях господства польской и полонизированной белорусской шляхты. Возвышение православия раздражало местную католическую знать, что заставляло правительственных чиновников неодобрительно относиться к активности православного духовенства и тормозить позитивные преобразования в церковной жизни. Эти тенденции усилились после заключения между Российской империей и Католической Церковью конкордата, который воодушевил как католическое духовенство, так и католическую шляхту. В результате православные епископы белорусских епархий вынуждены были охранять свою паству и подчиненное духовенство не только от нападок с польской католической стороны, но и со стороны российских чиновников, более половины которых к середине 1850-х гг. оказались выходцами из шляхты. Эти люди тайно вредили Православной Церкви, организовывали травлю православных священников, убеждали православных прихожан в том, что уния возродится и проч.
В итоге можно говорить о том, что в 1840–1850 гг. Православная Церковь в Белоруссии испытала масштабные изменения. В 1839 г. произошло преодоление духовно-культурного разделения белорусского общества, которое возникло в результате введения Брестской церковной унии 1595–1596 г. В последующие два десятилетия происходило усвоение церковным организмом воссоединения униатов. Оно проходило в трудных условиях не только объективного характера (сложность изменения вековых религиозных, культурных и языковых традиций), но и противоборства укреплению позиций православия со стороны католичества, местной католической знати, которые действовали под прикрытием правительственных структур Российской империи.
